由于普通肝素最早在103年前從狗的肝臟中提取出來，遂被命名為肝素。盡管我們早已不從動物肝臟中提取肝素，但仍然避免不了向動物進行“索取”，當今大規模工業生產的肝素，主要來源是豬腸粘膜。因普通肝素來源于提取而非合成，故很難獲得純凈的化合物，因此普通肝素是分子量從3K至30K的多糖混合物，平均約15K。

得益于化工技術的進展，我們逐漸可以通過不同方法將肝素依據分子量進行分離。1976年E.A. Johnson等人突發奇想，將2種不同分子量的肝素（平均分子量9K與22K）皮下注射給健康志愿者，發現分子量對抗X因子活性有巨大影響，從此學界開始了對LMWH的大規模研究。

隨著分子量的下降，肝素對Xa因子的拮抗作用越強，對IIa因子的拮抗作用越弱；抗Xa/抗IIa的比值越高，出血風險越低。目前用到的LMWH平均分子量在5K左右，如果將普通肝素的抗Xa：抗IIa作為1：1，那么LMWH的抗Xa：抗IIa為2-4：1，全人工合成的磺達肝葵鈉（分子量1.5K）甚至可達1：0。隨著分子量下降，肝素在體內的半衰期也越來越長，因此可以減少注射次數；而且，分子量下降后誘發HIT的風險也就更小，肝素系列中分子量最小的磺達肝葵鈉甚至可以用于HIT患者的抗凝。

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