依諾肝素鈉為低分子量肝素制劑，可使抗凝血因子Ⅹa與Ⅱa活力的比值大于4，從而發揮很強的抗血栓形成功能和一定的溶血栓作用。推薦劑量下總的凝血指標無明顯變化，血小板聚集時間及與纖維蛋白原的結合也無變化。盡管低分子量肝素（LMWH）適用于所有分子量小于8000 Da的肝素片段，但每一片段的效應仍取決于分子量。體外將依諾肝素鈉（分子量為4000～6000 Da）和未分離肝素進行對比的研究顯示，根據各自的分子量，與未分離肝素的作用相比較，依諾肝素鈉對凝血酶的抑制作用降低約5倍。體內研究也顯示皮下應用肝素，激活的部分凝血活酶時間（APTT）顯著長于皮下應用依諾肝素鈉。
依諾肝素鈉皮下注射的最大效應時間為3～5h，持續時間為24h，生物利用度為92%，這取決于抗凝血因子Ⅹa的活性。動物研究顯示依諾肝素鈉在腎、肝和脾選擇性聚集，分布容積（Vd）為6～7L/kg。其半衰期平均為4.5h（3～6h），老年人為6～7h，腎衰患者平均延長1.7倍。腎臟是依諾肝素鈉排泄的基本途徑，主要通過腎小球濾過。
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